Buenos días.
El caso que planteas es el pan de cada día de los que andamos en el ejercicio del derecho laboral.
Te expongo mis comentarios:
1) En el Ministerio de Trabajo existen dos Direcciones: La General de Trabajo que es donde llevaron a cabo la audiencia conciliatoria. En esta dirección solo puede intentarse conciliar sobre la indemnización y vacaciones y aguinaldos proporcionales. La otra Dirección es la General de Inspección de Trabajo. En esta se verifica el cumplimiento de todas las obligaciones laborales, entre ellas el pago de vacaciones y aguinaldos COMPLETOS.
2) El que hecho que se haya iniciado un juicio individual de trabajo, no impide la función administrativa de inspección y la imposición de una posible multa. Recuerda que la multa se impone por incumplimiento de una disposición legal, en tanto que la sentencia del juez recaerá sobre la obligación de pago del patrono de aquello a lo que sea condenado.
3) No das muchos detalles en cuanto al reclamo de la trabajadora referente a esa vacación. Recuerda que de conformidad con la ley, las acciones para reclamar el pago de vacaciones prescriben en 180 días contados a partir de la fecha en que debió efectuarse el pago de las mismas. Habría que revisar el caso puntualmente para poder determinar si es posible presentar alguna excepción.
En conclusión, la sanción administrativa es independiente de la acción judicial y es posible que se te imponga una multa aunque el tribunal finalmente termine absolviendo al patrono. Parece ilógico no? Pero así es el sistema de justicia laboral en este momento.
Finalmente, recuerda que ante cualquier imposición de multa, subsiste el derecho de apelar y poder presentar las pruebas que determinen que la multa ha sido impuesta indebidamente o que no existía la infracción.
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Saludos.