A mi humilde opinión:
1- Pasar en asesoría para que le resuelvan ya que, cada registro es un mundo y dicen cada cosa.
2- Por lógica, si la primera sociedad no existe porque fue absorbvida entonces debe poner el nuevo NIT de la sociedad, por ejemplo si Angel, S.A. de C.V. fue absorvida por Cielo, S.A. de C.V., la primera desapareció entonces el NIT que debería consignarse es la de Cielo, S.A. de C.V. porque la otra realmente no comparece, únicamente se consigna en la personería.
Creo que sería ver la escritura y analizar el caso en concreto pero como le digo lo mejor a veces es ir a la asesoría del registro correspondiente.