Muy buenas tardes Colega.
El caso que plantea es muy común.
En un lugar donde presté mis servicios, lo que se estilaba era hacer firmar un documento en el que el valor de la capacitación se convertía en una especie de mutuo que sería pagado en "X" de años con los servicios que el trabajador prestaba, pero que en caso de retirarse, el trabajador aceptaba expresamente que la parte proporcional del monto se convertía en una deuda exigible ejecutivamente. Firmaba además un pagaré como garantía.
Ahora bien, en cuanto a si se puede descontar de la indemnización el valor de la capacitación, la respuesta es que NO SE PUEDE, ya que solo puede retenerse de ella lo que corresponda a Cuotas Alimenticias.
Dado que el valor de la capacitación podría considerarlo una deuda del trabajador a favor de la empresa, debería proceder según el artículo 132 del Código de Trabajo y demandar judicialmente al trabajador para reclamar dicho monto.
Saludos cordiales.
P.S. Le debo el modelo de documento, pero al encontrarlo en mis archivos con gusto lo compartiré.