En materia de Contratación Pública y especialmente cuando se trata de una Obra Pública, hay un principio que no se debe perder de vista en la ejecución del contrato:
"Toda obra necesaria o que deba ejecutarse, que no esté comprendida dentro del diseño original del proyecto, debe someterse a aprobación de la Administración, PREVIAMENTE a ser ejecutada."
No hace lo anterior y que el contratista ejecute la obra, no obliga a la Administración al pago.
Ahora bien, en el caso que mencionas, no se aclara si producto de esas obras adicionales se generó una ORDEN DE CAMBIO debidamente aprobada por la Administración.
Si la última resolución fue en Agosto del 2012, es evidente que ya no se puede interponer un recurso contencioso administrativo y tácitamente, se ha aceptado la legalidad de la resolución.
Pienso que una solución podría ser intentar demandar a la institución por Incumplimiento Contractual (si aún no ha ocurrido prescripción) o inclusive intentar una acción por daños y perjuicios.
Saludos cordiales.