La diferencia principal radica en la forma en que éstas son fuente de obligaciones. La novación es cuando entre deudor y acreedor se tiene recíprocamente dicha calidad. Es decir A es deudor de B, pero tambien B es deudor de A. O dicho de otra forma B es acreedor de A, pero A también es Acreedor de B.
En cuanto a la confusión, El acreedor obtiene la calidad de deudor de una obligación. Es decir, por alguna circunstancia, A es deudor de él mismo.
En relación a la Compensación, es el pago de una deuda con algo similar.
Lo anterior de forma básica y superficial, te recomiendo leas a Somarriva, ahí podrás ilustrarte de gran forma.
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Me permito aclarar que el concepto o ejemplo planteado de novación no es correcto. La novación es la sustitución de una nueva obligación por la anterior. Esta puede darse de 3 formas: 1) Sustituyéndose una nueva obligación a otra, sin que intervengan nuevo acreedor o
deudor; 2º Contrayendo el deudor una nueva obligación respecto de un tercero, y declarándole en consecuencia libre de la obligación primitiva el primer acredor;
3º Sustituyéndose un nuevo deudor al antiguo, que en consecuencia queda libre. Revisar los arts. 1598 y ss CC.